ПЦР с вложенной парой праймеров (Nested PCR)

В русскоязычной научной литературе встречаются также такие названия данного варианта ПЦР, как «вложенная» ПЦР, метод гнездовой полимеразной цепной реакции или нестед-ПЦР.
ПЦР с вложенной парой праймеров является одной из модификаций метода, весьма часто привлекаемой для идентификации патогенов растений.

Характерной особенностью данного варианта ПЦР является то, что в реакции последовательно участвуют две пары праймеров, при этом вторая пара праймеров участвует в амплифицикации фрагмента ДНК внутри продукта, полученного после завершения цикла реакций с парой внешних праймеров. Существуют две технические альтернативы проведения ПЦР с вложенной парой праймеров. Согласно первой, в реакционной пробирке после проведения 15-30 циклов амплификации получают базовый фрагмент ДНК с участием внешних праймеров. Затем переносят аликвоту содержимого в другую пробирку, содержащую реакционную смесь с внутренними праймерами, взаимодействующими с нуклеотидными последовательностями внутри полученного фрагмента, и проводят вторую амплификацию (реаплификацию), также включающую 15-30 циклов. Альтернативный вариант нестед-ПЦР предполагает подбор такой температуры отжига для первой стадии, при которой вложенная пара праймеров не взаимодействует с ДНК. В этом случае температуру реамплификации обычно поддерживают на 10-15 °С ниже, чем при реакции с внешними праймерами.
С точки зрения применения в целях диагностики фитопатогенов «вложенная» ПЦР имеет как преимущества, так и недостатки. К достоинствам метода, прежде всего, относятся высокая чувствительность и уменьшение числа побочных продуктов реакции, а также усиление специфичности при амплификации целевого фрагмента, благодаря чему достигается более точная идентификация патогена. Перенесение продукта после первого цикла реакций во вторую пробирку может способствовать снижению концентрации ингибиторов полимеразной реакции, которые иногда присутствуют в препарате. Однако, с другой стороны, в этом случае возрастает вероятность получения ложно-положительных результатов из-за возможного загрязнения неспецифическими продуктами амплификации. Поэтому предпочтительно использование варианта с проведением обеих стадий анализа в одной и той же пробирке.
Метод гнездовой полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией успешно используется для идентификации фитоплазм, а также других

фитопатогенов, включая бактерии (например, для обнаружения и иденти- 87 фикации Erwinia amylovora в растениях до появления симптомов бактериоза). 

Еще по теме ПЦР с вложенной парой праймеров (Nested PCR):

1. ОЦЕНКА СОСТАВА МЕТАНОГЕННЫХ АРХЕЙ В ТОРФЯНЫХ ПОЧВАХС ПОМОЩЬЮ ПЦР-ДГГЭ ТЕХНОЛОГИИ А.              К. Кизилова, М. В. Чистотин, И. К. Кравченко
2. ЗНАЧЕНИЕ НОВЫХ МЕТОДОВ ДИАГНОСТИКИ ВИРУСНЫХ БОЛЕЗНЕЙ
3. ХАРАКТЕРИСТИКА ВОЗБУДИТЕЛЯ
4. ЭТИКА ПЕРМАКУЛЬТУРЫ
5. Скрябинемоз мелкого рогатого скота
6. 1-7. Изменчивость, отбор и законы познания
7. Современные концепции вида
8. ЭКОЛОГИЯ И НОЗОГЕОГРАФИЯ ВИРУСОВ
9. ХАРАКТЕРИСТИКА ВОЗБУДИТЕЛЯ
10. 12.1. СПОСОБЫ СОДЕРЖАНИЯ СВИНЕЙ
11. АНАЛИЗ МИКРОБНЫХ СООБЩЕСТВ ОСУШЕННЫХ ТОРФЯНЫХ ПОЧВ МЕТОДОМ FISH Е. В. Менько, И. К. Кравченко
12. 8.1. ОСНОВНЫЕ КОНЦЕПЦИИ В БИОЛОГИИ ИНДИВИДУАЛЬНОГО РАЗВИТИЯ
13. ЭКОНОМИЧЕСКИЕ АСПЕКТЫ БОРЬБЫ С ГЛОБАЛЬНЫМ ПОТЕПЛЕНИЕМ
14. Биологическая очистка
15. Система полива