При всем сходстве генеральных путей совместной эволюции по ряду существенных признаков плана строения и эмбриологических путей его формирования хордовые принципиально отличаются от других типов вторичноротых животных.
Это указывает на путь самостоятельной эволюции хордовых (Малахов, 1982). На этом пути согласованное развитие морфофизиологической специфики открыло возможность прогрессивного наращивания уровня метаболизма и энергетики организма, активизации движения и питания, центральной координации функций. Однако для повышения всех форм активности на базе специфического для хордовых ’ плана строения потребовалась длительная эволюция, в процессе которой отдельны^ биологически эффективные черты строения объединялись в единый морфобиологический функциональный комплекс. Это и составляет сущность морфофункциональной эволюции типа. В полной мере этот процесс прослеживается на уровне подтипа Позвоночные (Vertebrata)* Группа низших хордовых (подтипы Tunicata и Acrania) демонстрирует начальный, «поисковый» этап этого процесса, при котором специфика организации хордовых еще не нашла полного выражения, что повело к существенной экологической специализации, подчас связанной с вторичной утратой отдельных черт этой специфики.