Изотермальная петлевая амплификация (Loop-mediated isothermal amplification — LAMP)

  Предложенный в 2000 г. метод изотермальной петлевой амплификации (Notomi et al., 2000) открыл новые возможности в области эффективной и относительно малозатратной диагностики фитопатогенов, которая к тому же может быть осуществлена в лабораториях, не имеющих сложного оборудования, или в поле.

По сравнению с классическим вариантом ПЦР, LAMP является более быстрым и простым методом. Она позволяет амплифицировать целевые последовательности ДНК в изотермальных условиях. В этом случае нет необходимости применять термоциклеры, а достаточно располагать водяной баней или нагревательным блоком, обеспечивающими температуру 60-65 °С. Одной из особенностей данного метода является участие от четырех до шести праймеров (прямых и обратных внутренних, а также прямых и обратных внешних), которые распознают, соответственно, от шести до восьми различных комплементарных участков на анализируемой ДНК.
Это придает диагностике на основе LAMP исключительно высокую специфичность.

94              При температуре в районе 65 °С двуцепочечная ДНК находится в со
стоянии динамического равновесия, что делает возможным отжиг одного из внутренних праймеров на комплементарной последовательности ее цепи. Это инициирует синтез ДНК, в котором участвует фермент Bst полимераза (из Bacillus stearothermophilus), обладающая специфической активностью, вызывающей смещение цепи ДНК. Под действием этого фермента происходит освобождение одноцепочечной ДНК, которая служит матрицей на последующих этапах амплификации (Notomi at al., 2000). После нескольких циклов конечные продукты LAMP представляют собой фрагменты ДНК, которые имеют несколько инвертированных повторов целевого фрагмента и несут многочисленные петли, образующие структуры, напоминающие соцветие цветной капусты (Notomi at al., 2000). Поскольку в результате LAMP ДНК образуется в больших количествах, амплифицирован- ные продукты легко обнаружить просто невооруженным глазом без их предварительного электрофореза.
Разработаны варианты метода изотермальной петлевой амплификации с привлечением обратной транскрипции (RT-LAMP) и проведением в реальном времени (real time LAMP).
В настоящее время LAMP уже успешно используется для диагностики ряда фитопатогенов, например, для быстрой одностадийной идентификации Y-вируса картофеля, а также бактерии Ralstonia solanacearum, поражающей более 200 видов растений. 

Еще по теме Изотермальная петлевая амплификация (Loop-mediated isothermal amplification — LAMP):

1. 4.2. Амплификация в процессе развития
2. start="2" type="1"> Заключения
3. выводы
4. ВЫВОДЫ
5. ХАРАКТЕРИСТИКА ВОЗБУДИТЕЛЯ
6. 3.6.5. Характеристика генотипа как сбалансированной по дозам системы взаимодействующих генов 3.6.5.1. Значение сохранения дозового баланса генов в генотипе для формирования нормального фенотипа
7. Портал "ПЛАНЕТА ЖИВОТНЫХ". Кто ты, собака?, 2010
8. Любопытное доказательство того, что собаки очень давно одомашнены, приводит советский ученый-языковед академик Н. Я. Марр...
9. Антропологи изучают кости и скелеты людей очень далекого прошлого, изучают их близких и отдаленных родственников — ископаемых и современных обезьян,— чтоб восстановить путь, который прошел человек в своем развитии.
10. Находки, проливающие свет на происхождение собак, имеют возраст 8—10 тысяч лет...
11. Значит, собака пришла сюда вместе с человеком?..
12. Находка Савенкова произвела сенсацию...
13. КАК ЭТО МОГЛО СЛУЧИТЬСЯ!