ГУСЕВ Юрий Сергеевич. СТРУКТУРА И ФУНКЦИИ БЕЛКА VirE2 В ПЕРЕНОСЕ оцДНК ВЭУКАРИОТИЧЕССКИЕ КЛЕТКИ. 2014
биофизика ДИССЕРТАЦИЯ на соискание ученой степени кандидатабиологических наук
ВВЕДЕНИЕ
Актуальность проблемы
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
Агробактериальная трансформация
Перенос ДНК через мембраны растительной клетки
Роль белка VirE2 в процессе агробактериального переноса Т-ДНК
Перенос Т-ДНК в животную клетку
Перенос ДНК через нанопоры
Эндоцитоз
Трехмерная структура белка VirE2 по данным рентгеноструктурного анализа
Метод молекулярной динамики
Молекулярная динамика мембранных белков
Метод нормальных мод
Применение метода нормальных мод для анализа каналов и пр
Заключение
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
Выделение и очистка белка VirE2
Выращивание культур животных клеток
Измерение флуоресценции у животных клеток
Статистика
Электронная просвечивающая микроскопия комплекса оцДНК- VirE2
Программные средства длямолекулярного моделирования MDWeb
GRAMM-X Protein Docking WebServerv.1.2.0
Молекулярная динамика белка VirE2
РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
Построение комплекса из двух белков VirE2 в программе GRAMM-X
Построение комплекса из четырех белков VirE2 в программе GRAMM-X
Построение комплекса из шести белков VirE2 в программе GRAMM-X
Компьютерное моделирование комплексов из белка VirE2 и оцДНК
Построение модели белков VirE2-VirE1 в мембране в программе CHARMM-GUI
Проверка белка VirE2 на корректность для работы методом МД
Возможные пробелы в структуре комлекса белков VirE2-VirE1
Контакты атомов в структуре белков VirE2-VirE1
Молекулярная динамика белка VirE2
Анализ результатов молекулярнойдинамики
Исследование конформационных изменений комплексов из белка VirE2-VirE1 методом нормальных мод
Исследование комплекса белков VirE2-VirE1 методом нормальных мод
Исследование комплекса из двух белков VirE2 методом нормальных мод
Исследование комплекса из четырех белков VirE2 методом нормальных мод
Результаты моделирования
Анализ переноса оцДНК с участием белка VirE2 через мембраны in vitro
3.11.1 Эксперименты по переносу оцДНК с участием белка VirE2 и его комплексов через мембраны животных клеток
Электронная просвечивающая микроскопия комплекса оцДНК- VirE2
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЯ
Помощь с написанием учебных работ
Книги и учебники по дисциплине Биохимия:
- Бердникова Ольга Сергеевна. ВОЗДЕЙСТВИЕ ГИПОКСИИ И СРЕДЫ ВЫСОКИХ КОНЦЕНТРАЦИЙ СО2 НА ОБРАЗОВАНИЕ АКТИВНЫХ ФОРМ КИСЛОРОДА В КЛЕТКАХ РАЗЛИЧНЫХ ПО УСТОЙЧИВОСТИ РАСТЕНИЙ - 2016 год
- Карпеченко Никита Александрович. АНАЛИЗ БЕЛКОВЫХ СПЕКТРОВ ФЕРМЕНТОВ МЕТАБОЛИЧЕСКИХПУТЕЙ И ИНВЕРТИРОВАНЫХ ПОВТОРОВ ДНК ДРЕВЕСНЫХРАСТЕНИЙ ДУБА ЧЕРЕШЧАТОГО, ПРОИЗРАСТАЮЩИХ ВЛЕСОСТЕПИ ЕВРОПЕЙСКОЙ ЧАСТИ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ - 2014 год
- Сыромятников Михаил Юрьевич. БИОЭНЕРГЕТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ МИТОХОНДРИИЛЕТАТЕЛЬНЫХ МЫШЦ ШМЕЛЕЙ (BOMBUS TERRESTRIS L.) - 2014 год